Mindre flugsnappare häckar i Europa och västra Sibirien och är en flyttfågel som har sina vinterkvarter i Indien och Pakistan.
2003 beslutade SOF att den östliga taxonet av mindre flugsnappare skulle få egen artstatus på grund av skillnader i morfologi, läte, genetisk data och delvis sympatrisk utbredning. Taxonet fick artnammnet taigaflugsnappare (Ficedula albicilla) och arten häckar i centrala och östra Sibirien. Tidigare har även Kashmirflugsnappare (Ficedula subrubra) behandlats som en underart till mindre flugsnappare.
Mindre flugsnappare första häckningen i Sverige konstaterades 1944 i Småland, sedan dess förekommer den regelbundet men sällsynt som häckfågel i södra hälften av landet och längs Norrlandskusten, främst i Götaland och Svealand. Sverige utgör den nordvästra gränsen för den mindre flugsnapparens utbredningsområde. Man uppskattar att det i början på 2000-talet fanns ungefär 450-1 000 par i Sverige och Svensk Fågelatlas uppskattar att det i Sverige årligen häckar ungefär 500 par, men man understryker att variationerna är stora. Det svenska beståndet kategoriseras som nära hotad (NT).
Den adulta mindre flugsnapparen är stor som en gransångare och mäter 11-12 cm. Den uppträder rastlöst och rör sig kvickt i lövverket, vilket skiljer den från flera av de andra arterna i samma släkte. Den har en tydlig vit orbitalring, och en liten mörk näbb med rosabrun bas på undernäbben. Sittande knycker fågeln ofta på stjärten. I flykten kan man se vita sidor basalt på den svarta stjärten, ungefär som hos en stenskvätta.
Den adulta hanen har orangeröd strupe, med diffus gräns mot sitt beigevita bröst och undersida. Strupen är skarpt avgränsad av blygrå halssidor, den har också samma ton på huvudet och nacken. Honan är ungefär tecknad som hanen, men saknar tegelröd strupe och blygrå färg på huvud och nacke. Ickehäckande hanar, honor och juveniler har olivbrunt huvud och saknar det tegelröda bröstet, men hanar i andra årets sommardräkt har ibland en liten orange strupfläck.
Den påminner mycket om taigaflugsnapparen men skiljer sig ifrån denna då den tegelröda strupen hos den adulta hanen av taigaflugsnapparen helt är omgärdat av blygrått och dess hjässa har samma olivbruna ton som ryggen. I alla dräkter skiljer den mindre flugsnappare ifrån taigaflugsnappare på den rosabruna basen på undernäbben och på att de övre stjärttäckarna är ljusare än stjärtpennorna. I övrigt skiljs arterna främst på sången.
Den mindre flugsnapparen är talför och har många typer av läten på sin repertoar. På flyttningen hörs en kort, dämpad torr drill, serrrt. Oroslätet utgörs av en mjuk och kort tvåstavig vissling som kan bokstaveras dily. Sången består av först korta, spretiga toner följda av några mycket rytmiska toner i en mjuk båge.
Mindre flugsnappare trivs i olika miljöer, men mest i frodiga, täta skogspartier med rik undervegetation, gärna med en bäck i närheten. Den föredrar lövskog men trivs även i skogar med barrinslag. Fågeln är lätt att förbise eftersom perioden på året då den sjunger är kort. Boet placeras i håligheter i lövträd. Den lägger i genomsnitt 5-6 ägg, men kullar med 4-7 ägg förekommer, som ruvas av honan i 12-13 dagar. Ungarna tas om hand av båda föräldrarna och blir flygga efter 12-13 dagar. Mindre flugsnapparen livnär sig av insekter.
Den mindre flugsnapparen har ett mycket stort globalt utbredningsområde och dess populationstrend verkar vara stabil. Den globala populationsstorleken är inte uppskattad men arten beskrivs på många håll över utbredningsområdet som vanlig. Utifrån dessa kriterier kategoriseras arten som livskraftig (LC) av IUCN.